水中存在的CO2发生如下离子平衡：
CO2 + H2O → HCO3- + H+
CO2能够透过反渗透膜到产水侧，而绝大部分HCO3- 会被截留住，所以离子平衡会右移，导致pH降低。

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通常，反渗透产水pH会下降1-2，如果原水中碱度和HCO3- 高，pH会下降更多。