在设计反渗透系统时，一般都根据系统用途、原水条件、设备空间限制、系统产水规模及系统水回收率等诸多因素，来综合选定反渗透压力容器内置膜元件数和膜组件的基本排列方式。

在应用8040型膜元件的较大产水量的系统中，一般都采用是内置4-6只膜元件的R0压力容器( 在超大型系统中，也可采用内置7只8040膜元件的RO压力容器)，在应用4040型膜元件的小型系统中，多见是每个压力容器内置1-3只4040型膜元件。

在膜组件的排列方式上，对于采用8040型膜元件及6米的标准压力容器组成的膜组件制作并用于苦咸水淡化的反渗透系统来说，单段配置的反渗透装置一般最高只能获得50-60%的水回收率，而2-1配置(即两段脱盐)的R0装置往往最终可以获得65-75%的水回收率，较为经济，也符合一般用户的水资源利用之要求，故此在工程中多被采用。

在水质条件较好和系统水回收率要求较高时，大型反渗透装置则可以采用4-2-1 (即三段脱盐)配置方式，在采用该配置方式时，则可以获得大于80-85%的水回收率。