反渗透浓水侧最大允许二氧化硅的浓度取决于温度、pH 值以及阻垢剂。
通常在不加阻垢剂时浓水端最高允许浓度为100ppm，某些阻垢剂能允许浓水中的二氧化硅浓度最高为240ppm，化学反应沉淀对于预防硅垢是一种十分重要的工序，通常采用镁剂除硅。

一、镁剂除硅机理

镁剂除硅的机理是含有氢氧化镁的粒子表面吸附硅酸化合物，形成难溶的硅酸镁。
在某种程度上也发生了硅酸胶体的凝聚和硅酸钙的生成，少量的硅酸化合物与石灰处理析出的CaCO3也会发生反应形成沉淀。

二、镁剂除硅系统

镁剂除硅系统与石灰投加处理相类似，额外增加了镁剂的制备和剂量系统。

镁剂的计量方式有两种：
(1)干粉计量：
采用气力输送将菱苦土或白云灰粉末送至高位粉仓。通过干粉计量器，将所需数量的镁剂加入混合斗中。
然后按比例加水，用喷射器或浆液泵将计量过的镁剂全部送入澄清器。
(2)湿法计量：
将菱苦土或白云灰直接投入水力或电动搅拌器，制备成所需浓度的镁剂浆液。
然后通过泵输送到湿法计量器，把所需数量的镁剂加入澄清器。
采用湿法时，也可以把石灰和镁剂制成混合浆液，用同一计量器加药。

三、控制条件

合适运行控制条件，可将水中的硅含量10mg/L，为了保证理想的除硅效果，处理过程中可参考如下控制条件：
（1）pH值
镁剂除硅的最佳pH值为10.1-10.3。为保证pH值，联合石灰投加是非常有必要的。
（2）混凝
镁剂除硅必须设计混凝以去除生成的沉淀物。混凝剂可采用硫酸亚铁或氯化铁，投加量一般为0.4-0.7mmol/L。
（3）水温
提高水温可以加速除硅过程并使除硅效果提高。当除硅的温度为40-45℃，出水SiO2浓度可将至1mg/L。
但考虑到膜耐温及能耗，该方法不适用。对于设换热器的系统，提高温度可在一定程度上提高溶解度。
（4）镁剂投加量
镁剂比耗与水温、接触时间以及原水水质有关。
镁剂比耗随来水中硅酸含量的增加而减少，随水中胶体硅比例的增加而增加。
在保证除硅效果的前提下，镁剂比耗考虑以下：
镁剂比耗通常可按10-15mg/mg，原水硅酸含量较高时，可以减少到5mg/mg。原水硅酸含量很低时，可以增加到20mg/mg，若有条件宜通过试验确定比耗。